位于东京西部的巨大“学园都会”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都会中，实施着超才能开发的特殊课程，学生们的才能被赐与从“无才能Level 0”到“超才能Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都会的学生之一。他由于隐蔽在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能清除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无才能”，过着充斥不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都会的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大批派罗马正教，终于留意到上条的存在……。 如同呼应魔法方一般，科学方的学园都会也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。 他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。 科学与魔法第三次交错之时，故事将大幅推动！！
